يرجع نسب أسرة الشبكشى الى جدهم الأكبر محمد الذى أشتهر بلقب الشبكشى وكان يعمل تاجر وهو من الفرع الحسنى الشريف حيث سلسلة نسبه كالتالى : محمد الشبكشى بن حجازى بن يوسف بن على بن بهاء الدين بن عبد الحق بن زين الدين بن بهاء الدين بن على بن شمس الدين ابى يعقوب بن عبد الباقى بن عبد البر بن السيد عبد المحسن بن محمد وجيه بن موسى بن حماد بن داوود المنصورى المكنى
بأبى يعقوب بن تركى بن قرشلة المتصل نسبه الى سيدى إدريس الاصغر بن إدريس الأكبر بن عبد الله المحض بن الحسن المثنى بن الامام الحسن بن الامام على بن أبى طالب والسيدة فاطمة الزهراء بنت سيدنا محمد صل الله عليه وسلم كما هو مثبت فى سجلات أنساب السادة الأشراف.